访问链接:https://www.ezygene.com/tool/gmt
两种转换模式说明
1、GMT 文件转换为 TXT 文本
适配 GSEA(链接:https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp) 官方标准 GMT 文件,文件单行结构为:通路标识、通路描述、基因集合;通路描述无内容时填充为 Na 或链接地址。转换输出 TXT 文件,列排布规则:第 1 列基因名称,第 2 列通路名称。
2、TXT 文本转换为 GMT 文件
反向生成富集分析标准 GMT 文件,输入 TXT 需规范排版:第 1 列为基因名称,第 2 列为对应通路名称。
工具开发背景
基因富集分析流程中,GMT 为核心输入文件。人工手动匹配、录入基因与通路对应关系操作繁杂、人力成本高,本工具实现自动化格式转换,简化前期数据预处理步骤。